Bendera
pusaka untuk pertama kali berkibar pada Proklamasi Kemerdekaan Republik
Indonesia 17 Agustus 1945, di Jalan Pegangsaan Timur 56 Jakarta,
begitulah secara resmi bendera kebangsaan merah putih dikibarkan.
Pada
tanggal 4 Januari 1946, karena aksi teror yang dilakukan Belanda
semakin meningkat, presiden dan wakil presiden Republik Indonesia dengan
menggunakan kereta api meninggalkan Jakarta menuju Yogyakarta. Bendera
pusaka dibawa ke Yogyakarta dan dimasukkan dalam koper pribadi Soekarno.
Selanjutnya, ibukota dipindahkan ke Yogyakarta.
Tanggal
19 Desember 1948, Belanda melancarkan agresinya yang kedua. Presiden,
wakil presiden dan beberapa pejabat tinggi Indonesia akhirnya ditawan
Belanda. Namun, pada saat-saat genting dimana Istana Presiden Gedung
Agung Yogyakarta dikepung oleh Belanda, Soekarno sempat memanggil salah
satu ajudannya, Mayor M. Husein Mutahar. Sang ajudan lalu ditugaskan
untuk untuk menyelamatkan bendera pusaka. Penyelamatan bendera pusaka
ini merupakan salah satu bagian "heroik" dari sejarah tetap berkibarnya
Sang Merah putih di persada bumi Indonesia. Saat itu, Soekarno berucap
kepada Mutahar:
"Apa
yang terjadi terhadap diriku, aku sendiri tidak tahu. Dengan ini aku
memberikan tugas kepadamu pribadi. Dalam keadaan apapun juga, aku
memerintahkan kepadamu untuk menjaga bendera kita dengan nyawamu. Ini
tidak boleh jatuh ke tangan musuh.